Исследователи говорят, что все больше стран нуждаются в секвенировании генома вируса SARS-CoV-2. Это помогло бы ускорить обнаружение и отслеживание новых штаммов, таких как центральноафриканский B. 1.620. Об этом стало известно Neprosto.fun, со ссылкой на собственный источник.
Существуют сотни вариантов (штаммов) SARS-CoV-2, коронавируса, вызывающего инфекции COVID-19.
Варианты делятся на множество линий на родовом дереве, как родственные семьи, с ветвями матерей и отцов, детей, двоюродных братьев, тетей и дядей, от As до Bs, Cs, Ds, G, K, L, M, P, […] Y и Z. Все они связаны. Но оставаться в курсе всех остальных практически невозможно.
Мы видели это совсем недавно с новым Variant of Interest (VOI), который, как считается, пришел из Центральной Африки под названием B.1.620. Его древнейший из известных так называемых предков был обнаружен в Камеруне.
Некоторые исследователи говорят, что вариант В1.620 путешествовал из Центральной Африки в Европу. Вполне возможно, что он возник где-то в другом месте, например в Европе, и переместился в противоположном направлении в Камерун.
Но, как сказали два автора первого крупного международного исследования B. 1.620, происхождение этого варианта на самом деле не имеет значения. По крайней мере, не сейчас, потому что мы действительно не можем сказать, откуда он возник, пока не будет секвенировано больше вирусов.
Вы секвенируете геном вируса, чтобы определить его характеристики — как он распространяется и заражает людей — и вам нужно делать это быстро, когда вспышки происходят локально, чтобы ученые могли отслеживать варианты через глобальную базу данных, когда они распространяются.
Но многие африканские страны недостаточно секвенируют вирусы, хотя есть инициативы по улучшению этой ситуации.
Что делает В. 1.620 интересным?
B. 1.620 был обнаружен в Литве, Франции, Германии, Испании, Бельгии и Центральноафриканской Республике с доказательствами того, что исследователи называют «продолжающейся местной передачей».
Он «довольно редок за пределами Африки и в настоящее время не привлекает большого внимания», — говорит автор исследования Гитис Дудас, ученый Гетеборгского глобального центра биоразнообразия в Швеции.
Европейский центр по профилактике и контролю заболеваний (ECDC) сообщил в своем заявлении в среду, 19 мая, что «наибольшее число обнаружений [в настоящее время] было в Литве (77 случаев), Франции (40) и Германии (29)».
ECDC говорит, что B. 1.620 также был обнаружен в Чешской Республике, Ирландии, Норвегии и Португалии и в Северной Америке.
«Его вероятный регион происхождения — Центральная Африка, но это все еще неопределенно», — говорят эксперты ECDC.
ECDC классифицирует B. 1.620 как «интересный штамм». У него есть определенные мутации, которые можно найти в других вариантах, которые впоследствии стали опасными.
Эти мутации включают E484K, P681H и S477N, а также несколько так называемых «делеций» в белке спайка вируса.
Вирус использует спайк-белок, чтобы прикрепиться к клеткам человека, заразить нас и распространиться дальше.
Что сделало бы B.1.620 проблемой, вызывающей озабоченность (VOC)?
«B. 1.620 может стать VOC, если есть веские доказательства, чтобы предположить, например, увеличение преимущества передачи или изменение иммунных реакций на вирус», — говорит Дудас.
Таким образом, существует большая вероятность того, что B.1.620 станет VOC. Он уже проявляет признаки более быстрой передачи — он движется быстрее, заражая больше людей — и это связано с его способностью «избегать» иммунных реакций человека. Отчасти это связано с мутацией, известной как E484K.
«Мы можем быть совершенно уверены, что B. 1.620, скорее всего, сможет избежать большого количества нейтрализующих антител, которые мы создали против других штаммов вируса, которые не имеют мутаций, которые есть у этого штамма», — говорит Дудас.
Мутация E484K присутствует в VOC, таких как B. 1.351, южноафриканский вариант, и P1, так называемый бразильский вариант. Он встречается и в вариантах, обнаруженных в Великобритании, Нигерии, Филиппинах, Колумбии, России и США.
«Но показать преимущество передачи чрезвычайно трудно. Для этого требуется много данных, и часто это данные из стран, где данные секвенирования и медицинские данные могут быть очень хорошо связаны», — говорит Дудас.
С другой стороны, получить данные секвенирования для B. 1.620 из Центральной Африки было трудно.
Зачем нам нужно больше секвенирования?
Ученые склонны говорить, что мы должны секвенировать от 5% до 10% всех инфекций SARS-CoV-2.
Это может показаться не так много, но ученые в этом исследовании говорят, что это разумное количество и достаточно значительное, чтобы отслеживать, как развивается штамм.
Африканские страны, однако, отстают в этом вопросе. По оценкам Ахиджо Аюбы, директора по исследованиям в IRD, исследовательском институте устойчивого развития Франции, африканские страны секвенировали только 10% из примерно 1,5 миллиона последовательностей , совместно используемых в GISAID, и инициативы по обмену данными.
«Это происходит во всех африканских странах»,- говорит Аюба, соавтор исследования по B. 1.620.
«Большая часть этих последовательностей происходит из Южной Африки. Некоторые африканские страны поделились только примерно 10 или 20 последовательностями. Этого недостаточно, чтобы понять циркуляцию различных вирусов в разных странах».
Но Аюба знает ситуацию на месте, из первых рук:
«Людям просто не хватает секвенирующих машин. Во многих африканских странах не хватает подготовленных специалистов», — говорит он.
С большим количеством секвенирования можно узнать больше о динамике вируса — как он меняется, распространяется, пересекает границы и когда. И чем раньше вы его упорядочите, тем быстрее вы его поймаете.
«Учитывая ограниченное количество последовательностей, которые мы получаем из Центральной Африки, все, что мы знаем, это то, что самый древний предок B. 1.620 из Центральной Африки, а именно из Камеруна», — говорит Аюба. «Нам нужно больше секвенирования в Камеруне и других частях Африки, чтобы понять динамику этого штамма с течением времени».
Аюба участвует в программе передачи знаний с одним из трех уполномоченных институтов секвенирования в Камеруне. Он помог обучить исследователя в своей собственной лаборатории в Монпелье, и вместе они проведут там несколько недель, секвенируя вирус локально и в режиме реального времени.
Почему некоторые мутации так распространены?
Исследователи говорят, что мутация E484K «появляется довольно часто», и это, похоже, связано с нашим собственным иммунным ответом на вирус.
По — видимому, существуют определенные области спайкового белка, на которые наша иммунная система предпочитает нацеливаться в качестве средства нейтрализации — или остановки — вируса. Одним из таких вирусных «сайтов» является сайт «484».
Поскольку так много людей во всем мире переболели этой болезнью, и многие другие получают вакцины, вирус «очень легко», — говорит Дудас, — может изменить эту маленькую часть.
Тем не менее, Дудас говорит, что все равно стоит сделать прививку.
«Наш иммунный ответ нацелен не только на эту область», — говорит он. «Мы нацелены на несколько участков спайкового белка, и даже если мы не сможем предотвратить инфекцию или повторное заражение, вакцины по-прежнему защитят нас от серьезных симптомов и смерти».
При цитировании информации активная гиперссылка на neprosto.fun обязательна
